Al termine del corso, lo studente conosce: - i processi biologici a livello molecolare; - i rapporti struttura-funzione delle biomolecole; - il metabolismo energetico; - una visione integrata di signalling e metabolismi principali; - le basi di biochimica strutturale e di enzimologia.
Acquisizione delle conoscenze di base sulla struttura e funzione delle proteine con particolare attenzione a quelle dotate di attività enzimatica. Impiego di tali conoscenze per l’apprendimento, a livello molecolare, della Biochimica dei principali processi catabolici e anabolici.
Lezioni frontali
Esercitazioni in aula
BIOMOLECOLE E LORO STRUTTURA Glucidi Gruppi funzionali di composti organici di interesse biochimico. Definizione e formula bruta dei carboidrati. Individuazione dei centri chirali e stereochimica degli zuccheri. Forme furanosiche e piranosiche. Struttura e formazione di legami semiacetalici negli esosi e nei pentosi, con formazione di nuovi centri di asimmetria:anomeri a e anomeri b. Strutture degli zuccheri: glucosio, galattosio, mannosio e fruttosio, ribosio e desossiribosio. Formazione di legami glucosidici e struttura dei disaccaridi mannosio, saccarosio e lattosio. Struttura polisaccaridi di interesse biochimico. Estremità riducenti e non-riducenti degli omopolisaccaridi. Struttura della cellulosa.
Basi azotate e acidi nucleici Basi Pirimidiniche e Puriniche e loro forme tautomeriche. Nucleosidi e nucleotidi, in particolare struttura di ATP, ADP e AMP. Desossi nucleosidi e Desossinucleotidi. Legami esteri e legami pirofosforici dell’ATP. Legami fosfodiesterici.
Ammino Acidi e proteine Proprietà generali di un Ammino Acido standard (AA). Chiralità degli amminoacidi Ripartizione in 3 classi dei 20 Amminoacidi Standard. Definizione di Amminoacido Standard e sue correlazioni al Codice Genetico. Formazione del legame peptidico e sua isomeria geometrica. Definizione di polipeptide e di proteina. Struttura primaria di una proteina. Amminoacidi N e C terminale di un polipeptide e/o di una proteina. Definizione degli angoli di torsione phi e psi. Ramachandran Plot. Formule regolari di ripiegamento di una proteina e dettagli circa la formazione di legami idrogeno: eliche e foglietti pieghettati paralleli e anti-paralleli . Passi delle eliche e numeri di residui per unità ripetitive. Rappresentazione Individuazione delle principali strutture regolari di una proteina. Struttura del Gruppo eme. Proprietà di legame con con ossido di carbonio e con ossigeno della mioglobina e dell’emoglobina e loro struttura. Ruolo del pH e 2,3-Difosfoglicerato.
Coenzimi e Vitamine Vitamine e Coenzimi. Coenzimi piridinici NAD e NADP: interconversioni ossido/riduttive con meccanismo di trasferimento dello ione idruro.
METABOLISMO
Generalità, convergenza e divergenza delle vie metaboliche. Regolazione. Metabolismo energetico e metabolismo regolatorio. Metabolismo glucidico. Glicolisi : esocinasi, fosfoglucoisomerasi. Fosfofruttocinasi e sua regolazione. Aldolasi e cenni sul suo meccanismo di reazione. Trioso fosfato isomerasi. Coenzimi piridinici e loro meccanismo di ossidoriduzione (trasferimento bielettronico tramite ione idruro). Gliceraldeide-3-P deidrogenasi. Glicerato cinasi. Enolasi. Piruvato cinasi. Lattico deidrogenasi. Alcool deidrogenasi e fermentazione alcolica. Bilancio ossidoriduttivo ed energetico della glicolisi. Sistema navetta del glicerofosfato. Shunt dei pentosi-fosfato.. Glutatione perossidasi e reduttasi e loro ruolo negli stress ossidativi. Metabolismo del glicogeno Fosfoglucomutasi e ruolo del glucosio1,6-P2. Sintesi UDPGlucosio. Varie classi di polisaccaridi. Glicogeno sintasi ed enzima ramificante. Proteina cinasi. Proteine G. Glicogeno fosforilasi e sua regolazione. e. Reversibilità della glicogenolisi. Glucosio-6-P fosfatasi.
Metabolismo aerobico Decarbossilazione ossidativa acido piruvico. Ciclo di Krebs con bilancio di massa e bilancio energetico. Ciclo di Cori. Reazioni anaplerotiche. Piruvato carbossilasi. PEP carbossi- cinasi. Gluconeogenesi e suo fabbisogno energetico. Mitocondri. Potenziali Redox . Coenzima Q. Citocromi e struttura gruppo eme. Catena di trasporto degli elettroni. Complessi respiratori. Disaccoppianti. Forza promotrice . Derivati reattivi dell'ossigeno. Reazioni radicaliche a catena. Riduzione sequenziale dell'ossigeno. Superossido dismutasi e catalasi. Sistemi navetta. ADP-ATP traslocasi. Metabolismo lipidico Lipasi. Carnitina. b-ossidazione acidi grassi saturi a catena pari e dispari e monoinsaturi e suo rendimento energetico. Produzione e utilizzazione dei corpi chetonici. Sistema navetta del citrato.Acetil-CoA carbossilasi. Biosintesi acidi grassi saturi. Biosintesi trigliceridi e fosfolipidi. Metabolismo azotato Organicazione dell’Ammoniaca. Sintesi del Carbamil fosfato. Ciclo dell’Urea. Transaminasi (GPT e GOT). Deaminazione del glutammato. Tossicità dell'ammoniaca. Glutammina sintetasi. Ciclo dell’alanina.
Metodologie Biochimiche (Laboratorio):. Spettrofotometria. Spettri di assorbimento ed utilizzo di coenzimi piridinici. Dosaggio di proteine in campioni cellulari mediante metodi spettrofotometrici. Determinazione di attività enzimatica in preparati biologici grezzi: Glucosio 6 Fosfato Deidrogenasi. Determinazione di parametri cinetici dell' enzima G6PD. Principi di gas cromatografia e sua applicazione per l’analisi qualitativa e quantitativa di acidi grassi. Determinazione qualitativa e quantitativa di nucleotidi adenilici tramite cromatografia liquida ad alte prestazioni. Definizione della struttura primaria delle proteine mediante spettrometria di massa; digestione di proteine standard con tripsina. Peptide mass fingerprint e sequenza “de novo”.
Principi di Biochimica - Garrett, Grisham - Editore: Piccin
Fondamenti di Biochimica - Voet, Voet, Pratt - Editore: Zanichelli
Biochimica - Campbell, Farrell - Editore: EdiSES
I principi di biochimica di Lehninger - Nelson, Cox - Editore: Zanichelli
Biochimica - Stryer, Timoczcko, Berg - Editore: Zanichelli
Materiale delle lezioni presente in AulaWeb
Ricevimento: Su appuntamento, contattare il Docente via mail: gianluca.damonte@unige.it
GIANLUCA DAMONTE (Presidente)
ENRICO MILLO
ANNALISA SALIS
A partire dal 20 febbraio 2017 (II Semestre)
CHIMICA BIOLOGICA E LABORATORIO
Orale
Orale. L'esame orale è sempre condotto da una Commissione costituita da almeno un docente di ruolo e da un cultore della materia designato tale dal La Commissione, nominata con queste modalità, è in grado di verificare il raggiungimento degli obiettivi formativi dell'insegnamento ponendo domande diversificate inerenti al programma effettivamente svolto durante le lezioni del corso e di laboratorio. Quando gli obiettivi formativi non sono raggiunti, lo studente è invitato a verificare meglio le sue conoscenze avvalendosi anche di ulteriori spiegazioni contattando il docente titolare del corso di insegnamento
La frequenza alle lezioni frontali è fortemente raccomandata. La frequenza alle attività di laboratorio è obbligatoria
