OBIETTIVI FORMATIVI

L'insegnamento si propone di introdurre lo studente all’utilizzo efficace e consapevole degli strumenti informatici più comuni.

OBIETTIVI FORMATIVI (DETTAGLIO) E RISULTATI DI APPRENDIMENTO

L'insegnamento consta di due parti, ciascuna di 2 CFU.

La parte di Informatica introduce lo studente all’utilizzo della suite LibreOffice (in particolare il foglio di calcolo Calc), con lo scopo di renderlo in grado di usare Calc per elaborare e visualizzare dati, come quelli acquisibili da banche dati disponibili in rete.

La parte di Bioinformatica introduce lo studente all'analisi di sequenze biologiche tramite strumenti informatici, l'utilizzo di database come ncbi e la visualizzazione dei risultati ottenuti con software

PREREQUISITI

Per sfruttare in modo consapevole i fogli di calcolo lo studente deve avere competenze matematiche di base  e capacità di ragionamento e analisi, tipicamente coperte negli insegnamenti di matematica del primo anno del corso di laurea.

MODALITA' DIDATTICHE

L'insegnamento si svolge in 14-16 settimane, ciascuna delle quali prevede di norma 3 ore di lezioni e/o laboratorio guidato (agli studenti è richiesto di disporre di un portatile, e riceveranno assistenza per installare il software necessario).

Nel semestre vi sarà un Compitino sulla parte di informatica (con prenotazione e consegna su AulaWeb).

PROGRAMMA/CONTENUTO

La parte di Informatica prevede delle lezioni introduttive seguite da laboratori guidati su come reperire informazioni in rete ed elaborare e visualizzare dati mediante Calc. Nel dettaglio, gli argomenti trattati sono:

• accenni al sistema operativo e al file system

• uso di archivi compressi (formato zip)

• caratteristiche generali dei fogli di calcolo

• inserimenti, import (formato csv), editing e formattazione di dati

• grafici per la visualizzazione di dati tabellari

• formule, funzioni, riferimenti assoluti/relativi, nomi mnemonici

• filtri per nascondere/riorganizzare i dati

• tabelle pivot per creare dati aggregati

• strumenti per l’analisi dei dati

• export di fogli in formato pdf

• informazioni in rete: open data, banche tematiche, banche bibliografiche

La parte di Bioinformatica consta di lezioni frontali in cui vengono illustrate le teorie biologiche ed evolutive alla base delle tecniche di analisi e dei database, unite a sessioni pratiche in cui verranno applicate le tecniche insegnate. Nel dettaglio, gli argomenti trattati sono:

• sequenze biologiche e loro importanza da un punto di vista funzionale e evolutivo

• allineamento di sequenze, BLAST

• matrici di sostituzione

• principali database di risorse biologiche (NCBI, pubmed, nucleotide, protein, genbank)

• allineamento multiplo di sequenze

• concetti di filogenesi: clustering gerarchico, distanze evolutive, linkage

• filogenesi molecolare e ricostruzione di alberi filogenetici

• calcolo di indici di robustezza statistica degli alberi

• visualizzazione e annotazione di alberi

• evoluzione "orizzontale": riconciliazione filogenetica di eventi di trasferimento genico orizzontale

TESTI/BIBLIOGRAFIA

Il materiale didattico (incluse eventuali video registrazioni) sarà reso disponibile su aulaweb.

Inoltre è possibile consultare e scaricare la documentazione in Inglese su LibreOffice da https://documentation.libreoffice.org/en/english-documentation