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ELEMENTI DI INFORMATICA E DI BIOINFORMATICA

CODICE 57279
ANNO ACCADEMICO 2022/2023
CFU
  • 4 cfu al 2° anno di 8762 SCIENZE BIOLOGICHE (L-13) - GENOVA
  • SETTORE SCIENTIFICO DISCIPLINARE INF/01
    LINGUA Italiano
    SEDE
  • GENOVA
  • PERIODO 1° Semestre
    PROPEDEUTICITA
    Propedeuticità in ingresso
    Per sostenere l’esame di questo insegnamento è necessario aver sostenuto i seguenti esami:
    • SCIENZE BIOLOGICHE 8762 (coorte 2021/2022)
    • ISTITUZIONI DI MATEMATICHE 52344
    MATERIALE DIDATTICO AULAWEB

    OBIETTIVI E CONTENUTI

    OBIETTIVI FORMATIVI

    L'insegnamento si propone di introdurre lo studente all’utilizzo efficace e consapevole degli strumenti informatici più comuni.

    OBIETTIVI FORMATIVI (DETTAGLIO) E RISULTATI DI APPRENDIMENTO

    L'insegnamento consta di due parti, ciascuna di 2 CFU.

    La parte di Informatica introduce lo studente all’utilizzo della suite LibreOffice (in particolare il foglio di calcolo Calc), con lo scopo di renderlo in grado di usare Calc per elaborare e visualizzare dati, come quelli acquisibili da banche dati disponibili in rete.

    La parte di Bioinformatica introduce lo studente all'analisi di sequenze biologiche tramite strumenti informatici, l'utilizzo di database come ncbi e la visualizzazione dei risultati ottenuti con software

    PREREQUISITI

    Per sfruttare in modo consapevole i fogli di calcolo lo studente deve avere competenze matematiche di base  e capacità di ragionamento e analisi, tipicamente coperte negli insegnamenti di matematica del primo anno del corso di laurea.

    MODALITA' DIDATTICHE

    L'insegnamento si svolge in 14-16 settimane, ciascuna delle quali prevede di norma 3 ore di lezioni e/o laboratorio guidato (agli studenti è richiesto di disporre di un portatile, e riceveranno assistenza per installare il software necessario).

    Nel semestre vi sarà un Compitino sulla parte di informatica (con prenotazione e consegna su AulaWeb).

     

    PROGRAMMA/CONTENUTO

    La parte di Informatica prevede delle lezioni introduttive seguite da laboratori guidati su come reperire informazioni in rete ed elaborare e visualizzare dati mediante Calc. Nel dettaglio, gli argomenti trattati sono:

    • accenni al sistema operativo e al file system

    • uso di archivi compressi (formato zip)

    • caratteristiche generali dei fogli di calcolo

    • inserimenti, import (formato csv), editing e formattazione di dati

    • grafici per la visualizzazione di dati tabellari

    • formule, funzioni, riferimenti assoluti/relativi, nomi mnemonici

    • filtri per nascondere/riorganizzare i dati

    • tabelle pivot per creare dati aggregati

    • strumenti per l’analisi dei dati

    • export di fogli in formato pdf

    • informazioni in rete: open data, banche tematiche, banche bibliografiche

    La parte di Bioinformatica consta di lezioni frontali in cui vengono illustrate le teorie biologiche ed evolutive alla base delle tecniche di analisi e dei database, unite a sessioni pratiche in cui verranno applicate le tecniche insegnate. Nel dettaglio, gli argomenti trattati sono:

    • sequenze biologiche e loro importanza da un punto di vista funzionale e evolutivo

    • allineamento di sequenze, BLAST

    • matrici di sostituzione

    • principali database di risorse biologiche (NCBI, pubmed, nucleotide, protein, genbank)

    • allineamento multiplo di sequenze

    • concetti di filogenesi: clustering gerarchico, distanze evolutive, linkage

    • filogenesi molecolare e ricostruzione di alberi filogenetici

    • calcolo di indici di robustezza statistica degli alberi

    • visualizzazione e annotazione di alberi

    • evoluzione "orizzontale": riconciliazione filogenetica di eventi di trasferimento genico orizzontale

    TESTI/BIBLIOGRAFIA

    Il materiale didattico (incluse eventuali video registrazioni) sarà reso disponibile su aulaweb.

    Inoltre è possibile consultare e scaricare la documentazione in Inglese su LibreOffice da https://documentation.libreoffice.org/en/english-documentation

    DOCENTI E COMMISSIONI

    Commissione d'esame

    EUGENIO MOGGI (Presidente)

    GIANNA REGGIO

    EMANUELE BOSI (Presidente Supplente)

    FRANCESCO MASULLI (Supplente)

    STEFANO ROVETTA (Supplente)

    LEZIONI

    INIZIO LEZIONI

    Consultare orario dettagliato al seguente link: https://easyacademy.unige.it/portalestudenti/

     

    Si rimanda all'istanza AulaWeb specifica dell'insegnamento per eventuali aggiornamenti a causa di variazioni della situazione sanitaria ed epidemiologica.

    ESAMI

    MODALITA' D'ESAME

    La prova di Informatica consiste nell’analisi mediante Calc di dati forniti dal docente (è esentato chi ha superato il Compitino svolto nel semestre).

    La prova di Bioinformatica richiede di effettuare una serie di analisi su una sequenza biologica fornita dal docente.

     

    MODALITA' DI ACCERTAMENTO

    La prova di Informatica serve ad accertare la capacità di usare adeguatamente il foglio di calcolo Calc.

    La prova di Bioinformatica è volta a verificare le capacità di analisi di sequenze biologiche.

    Calendario appelli

    Data Ora Luogo Tipologia Note
    16/01/2023 09:00 GENOVA Laboratorio
    24/01/2023 09:00 GENOVA Labo BioInf accettazione online
    14/02/2023 09:00 GENOVA Laboratorio
    17/02/2023 09:00 GENOVA Labo BioInf accettazione online