CODICE 57279 ANNO ACCADEMICO 2023/2024 CFU 4 cfu anno 2 SCIENZE BIOLOGICHE 8762 (L-13) - GENOVA SETTORE SCIENTIFICO DISCIPLINARE INF/01 LINGUA Italiano SEDE GENOVA PERIODO 1° Semestre PROPEDEUTICITA Propedeuticità in ingresso Per sostenere l'esame di questo insegnamento è necessario aver sostenuto i seguenti esami: SCIENZE BIOLOGICHE 8762 (coorte 2022/2023) ISTITUZIONI DI MATEMATICHE 52344 2022 MATERIALE DIDATTICO AULAWEB OBIETTIVI E CONTENUTI OBIETTIVI FORMATIVI L'insegnamento si propone di introdurre lo studente all’utilizzo efficace e consapevole degli strumenti informatici più comuni OBIETTIVI FORMATIVI (DETTAGLIO) E RISULTATI DI APPRENDIMENTO L'insegnamento consta di due parti, ciascuna di 2 CFU, che utilizzano strumenti software con interfaccia e documentazione in inglese. La parte di Informatica introduce lo studente all’utilizzo della suite LibreOffice (in particolare il foglio di calcolo Calc), con lo scopo di renderlo in grado di usare Calc per elaborare e visualizzare dati, come quelli acquisibili da banche dati disponibili in rete. La parte di Bioinformatica introduce lo studente all'analisi di sequenze biologiche tramite strumenti informatici, l'utilizzo di database come ncbi e la visualizzazione dei risultati ottenuti con software PREREQUISITI Per sfruttare in modo consapevole i fogli di calcolo lo studente deve avere competenze matematiche di base e capacità di ragionamento e analisi, tipicamente coperte negli insegnamenti di matematica del primo anno del corso di laurea. MODALITA' DIDATTICHE L'insegnamento si svolge in 14-16 settimane, ciascuna delle quali prevede di norma 3 ore di lezioni e/o laboratorio guidato (agli studenti è richiesto di disporre di un portatile, e riceveranno assistenza per installare il software necessario). Nel semestre ci potrebbe essere un Compitino sulla parte di informatica (con prenotazione e consegna su AulaWeb). PROGRAMMA/CONTENUTO La parte di Informatica prevede delle lezioni introduttive seguite da laboratori guidati su come reperire informazioni in rete ed elaborare e visualizzare dati mediante Calc. Nel dettaglio, gli argomenti trattati sono: accenni al sistema operativo e al file system uso di archivi compressi (formato zip) caratteristiche generali dei fogli di calcolo inserimenti, import (formato csv), editing e formattazione di dati grafici per la visualizzazione di dati tabellari formule, funzioni, riferimenti assoluti/relativi, nomi mnemonici filtri per nascondere/riorganizzare i dati tabelle pivot per creare dati aggregati strumenti per l’analisi dei dati export di fogli in formato pdf (opzionale) informazioni in rete: open data, banche tematiche, banche bibliografiche La parte di Bioinformatica consta di lezioni frontali in cui vengono illustrate le teorie biologiche ed evolutive alla base delle tecniche di analisi e dei database, unite a sessioni pratiche in cui verranno applicate le tecniche insegnate. Nel dettaglio, gli argomenti trattati sono: sequenze biologiche e loro importanza da un punto di vista funzionale e evolutivo allineamento di sequenze, BLAST matrici di sostituzione principali database di risorse biologiche (NCBI, pubmed, nucleotide, protein, genbank) allineamento multiplo di sequenze concetti di filogenesi: clustering gerarchico, distanze evolutive, linkage filogenesi molecolare e ricostruzione di alberi filogenetici calcolo di indici di robustezza statistica degli alberi visualizzazione e annotazione di alberi evoluzione "orizzontale": riconciliazione filogenetica di eventi di trasferimento genico orizzontale TESTI/BIBLIOGRAFIA Il materiale didattico (incluse eventuali video registrazioni) sarà reso disponibile su aulaweb. Inoltre è possibile consultare e scaricare la documentazione in Inglese su LibreOffice da https://documentation.libreoffice.org/en/english-documentation DOCENTI E COMMISSIONI EUGENIO MOGGI Ricevimento: Vedi il modulo aulaweb dell'insegnamento e in subordine la pagina web https://person.dibris.unige.it/moggi-eugenio/ EMANUELE BOSI Ricevimento: Il docente è disponibile a effettuare ricevimento su richiesta Commissione d'esame EUGENIO MOGGI (Presidente) GIANNA REGGIO EMANUELE BOSI (Presidente Supplente) STEFANO ROVETTA (Supplente) LEZIONI INIZIO LEZIONI Consultare orario dettagliato al seguente link: https://easyacademy.unige.it/portalestudenti/ Si rimanda all'istanza AulaWeb specifica dell'insegnamento per eventuali aggiornamenti a causa di variazioni della situazione sanitaria ed epidemiologica. Orari delle lezioni ELEMENTI DI INFORMATICA E DI BIOINFORMATICA ESAMI MODALITA' D'ESAME L'esame consiste di due prove indipendenti: La prova di Informatica richiede di effettuare l’analisi mediante Calc di dati forniti dal docente (è esentato chi ha superato il Compitino svolto nel semestre). La prova di Bioinformatica richiede di effettuare una serie di analisi su una sequenza biologica fornita dal docente. L'esame è superato solo se i voti ottenuti nelle ultime prove consegnate di Informatica e Bioinformatica sono almeno 18/30. In tal caso il voto finale è la media dei due voti arrotondata per eccesso. MODALITA' DI ACCERTAMENTO La prova di Informatica serve ad accertare la capacità di usare adeguatamente il foglio di calcolo Calc. La prova di Bioinformatica è volta a verificare le capacità di analisi di sequenze biologiche. Calendario appelli Data appello Orario Luogo Tipologia Note 19/01/2024 14:00 GENOVA Laboratorio 16/02/2024 09:00 GENOVA Laboratorio SW1 del DIBRIS 18/06/2024 09:00 GENOVA Laboratorio 19/07/2024 09:00 GENOVA Laboratorio 03/09/2024 09:00 GENOVA Laboratorio Agenda 2030 Istruzione di qualità