OBIETTIVI E CONTENUTI

OBIETTIVI FORMATIVI

L'insegnamento si propone di introdurre lo studente all’utilizzo efficace e consapevole degli strumenti informatici più comuni

OBIETTIVI FORMATIVI (DETTAGLIO) E RISULTATI DI APPRENDIMENTO

L'insegnamento consta di due parti, ciascuna di 2 CFU, che utilizzano strumenti software con interfaccia e documentazione in inglese.

La parte di Informatica introduce lo studente all’utilizzo della suite LibreOffice (in particolare il foglio di calcolo Calc), con lo scopo di renderlo in grado di usare Calc per elaborare e visualizzare dati, come quelli acquisibili da banche dati disponibili in rete.

La parte di Bioinformatica introduce lo studente all'analisi di sequenze biologiche tramite strumenti informatici, l'utilizzo di database come ncbi e la visualizzazione dei risultati ottenuti con software

PREREQUISITI

Per sfruttare in modo consapevole i fogli di calcolo lo studente deve avere competenze matematiche di base  e capacità di ragionamento e analisi, tipicamente coperte negli insegnamenti di matematica del primo anno del corso di laurea.

MODALITA' DIDATTICHE

L'insegnamento si svolge in 14-16 settimane, ciascuna delle quali prevede di norma 3 ore di lezioni e/o laboratorio guidato (agli studenti è richiesto di disporre di un portatile, e riceveranno assistenza per installare il software necessario).

Nel semestre ci potrebbe essere un Compitino sulla parte di informatica (con prenotazione e consegna su AulaWeb).

PROGRAMMA/CONTENUTO

La parte di Informatica prevede delle lezioni introduttive seguite da laboratori guidati su come reperire informazioni in rete ed elaborare e visualizzare dati mediante Calc. Nel dettaglio, gli argomenti trattati sono:

• accenni al sistema operativo e al file system

• uso di archivi compressi (formato zip)

• caratteristiche generali dei fogli di calcolo

• inserimenti, import (formato csv), editing e formattazione di dati

• grafici per la visualizzazione di dati tabellari

• formule, funzioni, riferimenti assoluti/relativi, nomi mnemonici

• filtri per nascondere/riorganizzare i dati

• tabelle pivot per creare dati aggregati

• strumenti per l’analisi dei dati

• export di fogli in formato pdf (opzionale)

• informazioni in rete: open data, banche tematiche, banche bibliografiche

La parte di Bioinformatica consta di lezioni frontali in cui vengono illustrate le teorie biologiche ed evolutive alla base delle tecniche di analisi e dei database, unite a sessioni pratiche in cui verranno applicate le tecniche insegnate. Nel dettaglio, gli argomenti trattati sono:

• sequenze biologiche e loro importanza da un punto di vista funzionale e evolutivo

• allineamento di sequenze, BLAST

• matrici di sostituzione

• principali database di risorse biologiche (NCBI, pubmed, nucleotide, protein, genbank)

• allineamento multiplo di sequenze

• concetti di filogenesi: clustering gerarchico, distanze evolutive, linkage

• filogenesi molecolare e ricostruzione di alberi filogenetici

• calcolo di indici di robustezza statistica degli alberi

• visualizzazione e annotazione di alberi

• evoluzione "orizzontale": riconciliazione filogenetica di eventi di trasferimento genico orizzontale

TESTI/BIBLIOGRAFIA

Il materiale didattico (incluse eventuali video registrazioni) sarà reso disponibile su aulaweb.

Inoltre è possibile consultare e scaricare la documentazione in Inglese su LibreOffice da https://documentation.libreoffice.org/en/english-documentation

DOCENTI E COMMISSIONI

Commissione d'esame

EUGENIO MOGGI (Presidente)

GIANNA REGGIO

EMANUELE BOSI (Presidente Supplente)

STEFANO ROVETTA (Supplente)

LEZIONI

INIZIO LEZIONI

Consultare orario dettagliato al seguente link: https://easyacademy.unige.it/portalestudenti/

Si rimanda all'istanza AulaWeb specifica dell'insegnamento per eventuali aggiornamenti a causa di variazioni della situazione sanitaria ed epidemiologica.

Orari delle lezioni

ELEMENTI DI INFORMATICA E DI BIOINFORMATICA

ESAMI

MODALITA' D'ESAME

L'esame consiste di due prove indipendenti:

• La prova di Informatica richiede di effettuare l’analisi mediante Calc di dati forniti dal docente (è esentato chi ha superato il Compitino svolto nel semestre).
• La prova di Bioinformatica richiede di effettuare una serie di analisi su una sequenza biologica fornita dal docente.

L'esame è superato solo se i voti ottenuti nelle ultime prove consegnate di Informatica e Bioinformatica sono almeno 18/30.  In tal caso il voto finale è la media dei due voti arrotondata per eccesso.

MODALITA' DI ACCERTAMENTO

La prova di Informatica serve ad accertare la capacità di usare adeguatamente il foglio di calcolo Calc.

La prova di Bioinformatica è volta a verificare le capacità di analisi di sequenze biologiche.

Calendario appelli