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BIOINFORMATICA

CODICE 80793
ANNO ACCADEMICO 2021/2022
CFU 6 cfu al 3° anno di 8756 BIOTECNOLOGIE (L-2) GENOVA
SETTORE SCIENTIFICO DISCIPLINARE BIO/10
LINGUA Italiano
SEDE GENOVA (BIOTECNOLOGIE )
PERIODO 1° Semestre
PROPEDEUTICITA
Propedeuticità in ingresso
Per sostenere l’esame di questo insegnamento è necessario aver sostenuto i seguenti esami:
  • BIOTECNOLOGIE 8756 (coorte 2019/2020)
  • MATEMATICA (CTF) (LM) 55402
  • BIOCHIMICA E LABORATORIO 66895
  • STATISTICA MEDICA 80766
MATERIALE DIDATTICO AULAWEB

PRESENTAZIONE

Le moderne tecniche di sequenziamento genomico e di analisi delle sequenze amminoacidiche e proteiche producono una mole di dati che rende necessario l’uso dell’informatica e del web. L'insegnamento consiste nell’elucidazione delle basi teoriche delle tecniche di analisi tipiche della bioinformatica, nell’illustrazione e nell’uso di applicativi software che effettuano tali analisi. Gli applicativi utilizzano in prevalenza software distribuito e web server remoti.

OBIETTIVI E CONTENUTI

OBIETTIVI FORMATIVI

L'insegnamento si propone di fornire allo studente le conoscenze teoriche e pratiche per poter reperire dati su sequenze genomiche e proteiche dai database messi a disposizione alla comunità scientifica e saperli analizzare utilizzando diversi softwares presenti su servers in rete per poter trarre da essi informazioni utili allo svolgimento dell'attività di ricerca, della scrittura e revisione di progetti e articoli scientifici.

OBIETTIVI FORMATIVI (DETTAGLIO) E RISULTATI DI APPRENDIMENTO

Al termine dell'insegnamento lo studente dovrà conoscere i principali database esistenti e i softwares in grado di analizzare i dati in essi contenuti.

Lo studente dovrà inoltre comprendere quali siano gli algoritmi e i softwares più corretti da utilizzare per l'analisi di specifiche sequenze genomiche o proteiche. Dovrà inoltre saper analizzare diverse sequenze per risolvere dei problemi che gli verranno sottoposti e discutere i risultati ottenuti.

PREREQUISITI

Lo studente dovrà avere le competenze di base per navigare in rete, scaricare file e materiale da internet, compilare file excel e word, catturare immagini da schermo.

Lo studente dovrà inoltre avere ben presente la struttura del DNA e delle proteine conoscendo le abbreviazioni a tre lettere e a singola lettera degli amminoacidi oltre a conoscere la definizione di struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria delle proteine e di domini funzionali delle proteine.

MODALITA' DIDATTICHE

Lezioni frontali:

Durante le lezioni frontali sarà descritta agli studenti la teoria alla base della ricerca nei database e all'analisi delle informazioni in essi contenuti. Inoltre saranno mostrati i principali softwares per l'analisi di sequenze e il loro funzionamento.

Esercitazioni:

Durante le esercitazioni pratiche saranno svolti degli esercizi che permettano agli studenti di comprendere il funzionamento dei softwares che dovranno poi utilizzare durante la prova d'esame.

PROGRAMMA/CONTENUTO

• Introduzione alla struttura delle proteine

• I database e la ricerca nei database

• Allineamento di sequenze proteiche

• I software per l’analisi delle proteine

• Introduzione alle analisi filogenetiche

TESTI/BIBLIOGRAFIA

Tutte le slides utilizzate durante le lezioni e altro materiale didattico saranno disponibili su aul@web. In generale, gli appunti presi durante le lezioni e il materiale su aul@web sono sufficienti per la preparazione dell'esame. I libri sotto indicati sono suggeriti come testi di appoggio, ma gli studenti possono comunque utilizzare anche altri testi di Bioinformatica di livello universitario, purché siano edizioni pubblicate negli ultimi 5 anni.

Stefano Pascarella, Alessandro Paiardini Bioinformatica Zanichelli

Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer, Oliver Koch Applied Bioinfomatics Springer

Jin Xiong Essential Bioinfomatics Cambridge

DOCENTI E COMMISSIONI

Commissione d'esame

DAVIDE CERESA (Presidente)

FRANCESCO PIACENTE (Presidente)

ULRICH PFEFFER

LEZIONI

Orari delle lezioni

L'orario di tutti gli insegnamenti è consultabile su EasyAcademy.

ESAMI

MODALITA' D'ESAME

Esame scritto nel corso del quale lo studente dovrà risolvere dei problemi utilizzando la teoria e i softwares appresi durante le lezioni frontali e le esercitazioni.

MODALITA' DI ACCERTAMENTO

Lo studente dovrà dimostrare di saper reperire le informazioni dai principali database, analizzarle con i softwares descritti a lezione e commentare i risultati ottenuti.

Calendario appelli

Data Ora Luogo Tipologia Note
20/01/2022 10:00 GENOVA Scritto
17/02/2022 10:00 GENOVA Scritto
16/06/2022 10:00 GENOVA Scritto
12/07/2022 10:00 GENOVA Scritto
20/09/2022 10:00 GENOVA Scritto