OBIETTIVI FORMATIVI

Le moderne tecniche di sequenziamento genomico e di analisi delle sequenze amminoacidiche e proteiche producono una mole di dati che rende necessario l’uso dell’informatica e del web. Il modulo consiste nell’elucidazione delle basi teoriche delle tecniche di analisi tipiche della bioinformatica, nell’illustrazione e nell’uso di applicativi software che effettuano tali analisi. Gli applicativi utilizzano in prevalenza software distribuito e web server remoti.

OBIETTIVI FORMATIVI (DETTAGLIO) E RISULTATI DI APPRENDIMENTO

Al termine dell'insegnamento lo studente dovrà conoscere i principali database esistenti e i softwares in grado di analizzare i dati in essi contenuti.

Lo studente dovrà inoltre comprendere quali siano gli algoritmi e i softwares più corretti da utilizzare per l'analisi di specifiche sequenze genomiche o proteiche. Dovrà inoltre saper analizzare diverse sequenze per risolvere dei problemi che gli verranno sottoposti e discutere i risultati ottenuti.

PREREQUISITI

Lo studente dovrà avere le competenze di base per navigare in rete, scaricare file e materiale da internet, compilare file excel e word, catturare immagini da schermo.

Lo studente dovrà inoltre avere ben presente la struttura del DNA e delle proteine conoscendo le abbreviazioni a tre lettere e a singola lettera degli amminoacidi oltre a conoscere la definizione di struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria delle proteine e di domini funzionali delle proteine.

MODALITA' DIDATTICHE

Lezioni frontali:

Durante le lezioni frontali sarà descritta agli studenti la teoria alla base della ricerca nei database e all'analisi delle informazioni in essi contenuti. Inoltre saranno mostrati i principali softwares per l'analisi di sequenze e il loro funzionamento.

Esercitazioni:

Durante le esercitazioni pratiche saranno svolti degli esercizi che permettano agli studenti di comprendere il funzionamento dei softwares che dovranno poi utilizzare durante la prova d'esame.

PROGRAMMA/CONTENUTO

• Introduzione alla struttura delle proteine

• I database e la ricerca nei database

• Allineamento di sequenze proteiche

• I software per l’analisi delle proteine

• Introduzione alle analisi filogenetiche

TESTI/BIBLIOGRAFIA

Tutte le slides utilizzate durante le lezioni e altro materiale didattico saranno disponibili su aul@web. In generale, gli appunti presi durante le lezioni e il materiale su aul@web sono sufficienti per la preparazione dell'esame. I libri sotto indicati sono suggeriti come testi di appoggio, ma gli studenti possono comunque utilizzare anche altri testi di Bioinformatica di livello universitario, purché siano edizioni pubblicate negli ultimi 5 anni.

Stefano Pascarella, Alessandro Paiardini Bioinformatica Zanichelli

Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer, Oliver Koch Applied Bioinfomatics Springer

Jin Xiong Essential Bioinfomatics Cambridge