CODICE 80793 ANNO ACCADEMICO 2022/2023 CFU 6 cfu anno 3 BIOTECNOLOGIE 8756 (L-2) - GENOVA SETTORE SCIENTIFICO DISCIPLINARE BIO/10 LINGUA Italiano SEDE GENOVA PERIODO 1° Semestre PROPEDEUTICITA Propedeuticità in ingresso Per sostenere l'esame di questo insegnamento è necessario aver sostenuto i seguenti esami: BIOTECNOLOGIE 8756 (coorte 2020/2021) MATEMATICA (CTF) (LM) 55402 2020 BIOCHIMICA E LABORATORIO 66895 2020 STATISTICA MEDICA 80766 2020 MATERIALE DIDATTICO AULAWEB PRESENTAZIONE Le moderne tecniche di sequenziamento genomico e di analisi delle sequenze amminoacidiche e proteiche producono una mole di dati che rende necessario l’uso dell’informatica e del web. L'insegnamento consiste nell’elucidazione delle basi teoriche delle tecniche di analisi tipiche della bioinformatica, nell’illustrazione e nell’uso di applicativi software che effettuano tali analisi. Gli applicativi utilizzano in prevalenza software distribuito e web server remoti. OBIETTIVI E CONTENUTI OBIETTIVI FORMATIVI Le moderne tecniche di sequenziamento genomico e di analisi delle sequenze amminoacidiche e proteiche producono una mole di dati che rende necessario l’uso dell’informatica e del web. Il modulo consiste nell’elucidazione delle basi teoriche delle tecniche di analisi tipiche della bioinformatica, nell’illustrazione e nell’uso di applicativi software che effettuano tali analisi. Gli applicativi utilizzano in prevalenza software distribuito e web server remoti. OBIETTIVI FORMATIVI (DETTAGLIO) E RISULTATI DI APPRENDIMENTO Al termine dell'insegnamento lo studente dovrà conoscere i principali database esistenti e i softwares in grado di analizzare i dati in essi contenuti. Lo studente dovrà inoltre comprendere quali siano gli algoritmi e i softwares più corretti da utilizzare per l'analisi di specifiche sequenze genomiche o proteiche. Dovrà inoltre saper analizzare diverse sequenze per risolvere dei problemi che gli verranno sottoposti e discutere i risultati ottenuti. PREREQUISITI Lo studente dovrà avere le competenze di base per navigare in rete, scaricare file e materiale da internet, compilare file excel e word, catturare immagini da schermo. Lo studente dovrà inoltre avere ben presente la struttura del DNA e delle proteine conoscendo le abbreviazioni a tre lettere e a singola lettera degli amminoacidi oltre a conoscere la definizione di struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria delle proteine e di domini funzionali delle proteine. MODALITA' DIDATTICHE Lezioni frontali: Durante le lezioni frontali sarà descritta agli studenti la teoria alla base della ricerca nei database e all'analisi delle informazioni in essi contenuti. Inoltre saranno mostrati i principali softwares per l'analisi di sequenze e il loro funzionamento. Esercitazioni: Durante le esercitazioni pratiche saranno svolti degli esercizi che permettano agli studenti di comprendere il funzionamento dei softwares che dovranno poi utilizzare durante la prova d'esame. PROGRAMMA/CONTENUTO • Introduzione alla struttura delle proteine • I database e la ricerca nei database • Allineamento di sequenze proteiche • I software per l’analisi delle proteine • Introduzione alle analisi filogenetiche TESTI/BIBLIOGRAFIA Tutte le slides utilizzate durante le lezioni e altro materiale didattico saranno disponibili su aul@web. In generale, gli appunti presi durante le lezioni e il materiale su aul@web sono sufficienti per la preparazione dell'esame. I libri sotto indicati sono suggeriti come testi di appoggio, ma gli studenti possono comunque utilizzare anche altri testi di Bioinformatica di livello universitario, purché siano edizioni pubblicate negli ultimi 5 anni. Stefano Pascarella, Alessandro Paiardini Bioinformatica Zanichelli Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer, Oliver Koch Applied Bioinfomatics Springer Jin Xiong Essential Bioinfomatics Cambridge DOCENTI E COMMISSIONI FRANCESCO PIACENTE Ricevimento: Il ricevimento studenti è dal Lunedì al Venerdì previo appuntamento tramite e-mail o telefono presso la Sezione di Biochimica in Viale Benedetto XV, 1 - primo piano. e-mail: francesco.piacente@unige.it tel: 0103538131 DAVIDE CERESA Commissione d'esame DAVIDE CERESA (Presidente) FRANCESCO PIACENTE (Presidente) LEZIONI Orari delle lezioni L'orario di questo insegnamento è consultabile all'indirizzo: Portale EasyAcademy ESAMI MODALITA' D'ESAME Esame scritto nel corso del quale lo studente dovrà risolvere dei problemi utilizzando la teoria e i softwares appresi durante le lezioni frontali e le esercitazioni. MODALITA' DI ACCERTAMENTO Lo studente dovrà dimostrare di saper reperire le informazioni dai principali database, analizzarle con i softwares descritti a lezione e commentare i risultati ottenuti. Calendario appelli Data appello Orario Luogo Tipologia Note 20/01/2023 10:00 GENOVA Scritto 09/02/2023 10:00 GENOVA Scritto 21/06/2023 10:00 GENOVA Scritto 20/07/2023 10:00 GENOVA Scritto 22/09/2023 10:00 GENOVA Scritto