CODICE | 80793 |
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ANNO ACCADEMICO | 2022/2023 |
CFU |
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SETTORE SCIENTIFICO DISCIPLINARE | BIO/10 |
LINGUA | Italiano |
SEDE |
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PERIODO | 1° Semestre |
PROPEDEUTICITA |
Propedeuticità in ingresso
Per sostenere l’esame di questo insegnamento è necessario aver sostenuto i seguenti esami:
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MATERIALE DIDATTICO | AULAWEB |
Le moderne tecniche di sequenziamento genomico e di analisi delle sequenze amminoacidiche e proteiche producono una mole di dati che rende necessario l’uso dell’informatica e del web. L'insegnamento consiste nell’elucidazione delle basi teoriche delle tecniche di analisi tipiche della bioinformatica, nell’illustrazione e nell’uso di applicativi software che effettuano tali analisi. Gli applicativi utilizzano in prevalenza software distribuito e web server remoti.
Le moderne tecniche di sequenziamento genomico e di analisi delle sequenze amminoacidiche e proteiche producono una mole di dati che rende necessario l’uso dell’informatica e del web. Il modulo consiste nell’elucidazione delle basi teoriche delle tecniche di analisi tipiche della bioinformatica, nell’illustrazione e nell’uso di applicativi software che effettuano tali analisi. Gli applicativi utilizzano in prevalenza software distribuito e web server remoti.
Al termine dell'insegnamento lo studente dovrà conoscere i principali database esistenti e i softwares in grado di analizzare i dati in essi contenuti.
Lo studente dovrà inoltre comprendere quali siano gli algoritmi e i softwares più corretti da utilizzare per l'analisi di specifiche sequenze genomiche o proteiche. Dovrà inoltre saper analizzare diverse sequenze per risolvere dei problemi che gli verranno sottoposti e discutere i risultati ottenuti.
Lo studente dovrà avere le competenze di base per navigare in rete, scaricare file e materiale da internet, compilare file excel e word, catturare immagini da schermo.
Lo studente dovrà inoltre avere ben presente la struttura del DNA e delle proteine conoscendo le abbreviazioni a tre lettere e a singola lettera degli amminoacidi oltre a conoscere la definizione di struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria delle proteine e di domini funzionali delle proteine.
Lezioni frontali:
Durante le lezioni frontali sarà descritta agli studenti la teoria alla base della ricerca nei database e all'analisi delle informazioni in essi contenuti. Inoltre saranno mostrati i principali softwares per l'analisi di sequenze e il loro funzionamento.
Esercitazioni:
Durante le esercitazioni pratiche saranno svolti degli esercizi che permettano agli studenti di comprendere il funzionamento dei softwares che dovranno poi utilizzare durante la prova d'esame.
• Introduzione alla struttura delle proteine
• I database e la ricerca nei database
• Allineamento di sequenze proteiche
• I software per l’analisi delle proteine
• Introduzione alle analisi filogenetiche
Tutte le slides utilizzate durante le lezioni e altro materiale didattico saranno disponibili su aul@web. In generale, gli appunti presi durante le lezioni e il materiale su aul@web sono sufficienti per la preparazione dell'esame. I libri sotto indicati sono suggeriti come testi di appoggio, ma gli studenti possono comunque utilizzare anche altri testi di Bioinformatica di livello universitario, purché siano edizioni pubblicate negli ultimi 5 anni.
Stefano Pascarella, Alessandro Paiardini Bioinformatica Zanichelli
Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer, Oliver Koch Applied Bioinfomatics Springer
Jin Xiong Essential Bioinfomatics Cambridge
Ricevimento: Il ricevimento studenti è dal Lunedì al Venerdì previo appuntamento tramite e-mail o telefono presso la Sezione di Biochimica in Viale Benedetto XV, 1 - primo piano. e-mail: francesco.piacente@unige.it tel: 0103538131
DAVIDE CERESA (Presidente)
FRANCESCO PIACENTE (Presidente)
L'orario di tutti gli insegnamenti è consultabile su EasyAcademy.
Esame scritto nel corso del quale lo studente dovrà risolvere dei problemi utilizzando la teoria e i softwares appresi durante le lezioni frontali e le esercitazioni.
Lo studente dovrà dimostrare di saper reperire le informazioni dai principali database, analizzarle con i softwares descritti a lezione e commentare i risultati ottenuti.
Data | Ora | Luogo | Tipologia | Note |
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20/01/2023 | 10:00 | GENOVA | Scritto | |
09/02/2023 | 10:00 | GENOVA | Scritto | |
21/06/2023 | 10:00 | GENOVA | Scritto | |
20/07/2023 | 10:00 | GENOVA | Scritto | |
22/09/2023 | 10:00 | GENOVA | Scritto |