Salta al contenuto principale della pagina

BIOINFORMATICA

CODICE 80793
ANNO ACCADEMICO 2022/2023
CFU
  • 6 cfu al 3° anno di 8756 BIOTECNOLOGIE (L-2) - GENOVA
  • SETTORE SCIENTIFICO DISCIPLINARE BIO/10
    LINGUA Italiano
    SEDE
  • GENOVA
  • PERIODO 1° Semestre
    PROPEDEUTICITA
    Propedeuticità in ingresso
    Per sostenere l’esame di questo insegnamento è necessario aver sostenuto i seguenti esami:
    • BIOTECNOLOGIE 8756 (coorte 2020/2021)
    • MATEMATICA (CTF) (LM) 55402
    • BIOCHIMICA E LABORATORIO 66895
    • STATISTICA MEDICA 80766
    MATERIALE DIDATTICO AULAWEB

    PRESENTAZIONE

    Le moderne tecniche di sequenziamento genomico e di analisi delle sequenze amminoacidiche e proteiche producono una mole di dati che rende necessario l’uso dell’informatica e del web. L'insegnamento consiste nell’elucidazione delle basi teoriche delle tecniche di analisi tipiche della bioinformatica, nell’illustrazione e nell’uso di applicativi software che effettuano tali analisi. Gli applicativi utilizzano in prevalenza software distribuito e web server remoti.

    OBIETTIVI E CONTENUTI

    OBIETTIVI FORMATIVI

    Le moderne tecniche di sequenziamento genomico e di analisi delle sequenze amminoacidiche e proteiche producono una mole di dati che rende necessario l’uso dell’informatica e del web. Il modulo consiste nell’elucidazione delle basi teoriche delle tecniche di analisi tipiche della bioinformatica, nell’illustrazione e nell’uso di applicativi software che effettuano tali analisi. Gli applicativi utilizzano in prevalenza software distribuito e web server remoti.

    OBIETTIVI FORMATIVI (DETTAGLIO) E RISULTATI DI APPRENDIMENTO

    Al termine dell'insegnamento lo studente dovrà conoscere i principali database esistenti e i softwares in grado di analizzare i dati in essi contenuti.

    Lo studente dovrà inoltre comprendere quali siano gli algoritmi e i softwares più corretti da utilizzare per l'analisi di specifiche sequenze genomiche o proteiche. Dovrà inoltre saper analizzare diverse sequenze per risolvere dei problemi che gli verranno sottoposti e discutere i risultati ottenuti.

    PREREQUISITI

    Lo studente dovrà avere le competenze di base per navigare in rete, scaricare file e materiale da internet, compilare file excel e word, catturare immagini da schermo.

    Lo studente dovrà inoltre avere ben presente la struttura del DNA e delle proteine conoscendo le abbreviazioni a tre lettere e a singola lettera degli amminoacidi oltre a conoscere la definizione di struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria delle proteine e di domini funzionali delle proteine.

    MODALITA' DIDATTICHE

    Lezioni frontali:

    Durante le lezioni frontali sarà descritta agli studenti la teoria alla base della ricerca nei database e all'analisi delle informazioni in essi contenuti. Inoltre saranno mostrati i principali softwares per l'analisi di sequenze e il loro funzionamento.

    Esercitazioni:

    Durante le esercitazioni pratiche saranno svolti degli esercizi che permettano agli studenti di comprendere il funzionamento dei softwares che dovranno poi utilizzare durante la prova d'esame.

    PROGRAMMA/CONTENUTO

    • Introduzione alla struttura delle proteine

    • I database e la ricerca nei database

    • Allineamento di sequenze proteiche

    • I software per l’analisi delle proteine

    • Introduzione alle analisi filogenetiche

    TESTI/BIBLIOGRAFIA

    Tutte le slides utilizzate durante le lezioni e altro materiale didattico saranno disponibili su aul@web. In generale, gli appunti presi durante le lezioni e il materiale su aul@web sono sufficienti per la preparazione dell'esame. I libri sotto indicati sono suggeriti come testi di appoggio, ma gli studenti possono comunque utilizzare anche altri testi di Bioinformatica di livello universitario, purché siano edizioni pubblicate negli ultimi 5 anni.

    Stefano Pascarella, Alessandro Paiardini Bioinformatica Zanichelli

    Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer, Oliver Koch Applied Bioinfomatics Springer

    Jin Xiong Essential Bioinfomatics Cambridge

    DOCENTI E COMMISSIONI

    Commissione d'esame

    DAVIDE CERESA (Presidente)

    FRANCESCO PIACENTE (Presidente)

    LEZIONI

    Orari delle lezioni

    L'orario di tutti gli insegnamenti è consultabile su EasyAcademy.

    ESAMI

    MODALITA' D'ESAME

    Esame scritto nel corso del quale lo studente dovrà risolvere dei problemi utilizzando la teoria e i softwares appresi durante le lezioni frontali e le esercitazioni.

    MODALITA' DI ACCERTAMENTO

    Lo studente dovrà dimostrare di saper reperire le informazioni dai principali database, analizzarle con i softwares descritti a lezione e commentare i risultati ottenuti.

    Calendario appelli

    Data Ora Luogo Tipologia Note
    20/01/2023 10:00 GENOVA Scritto
    09/02/2023 10:00 GENOVA Scritto
    15/06/2023 10:00 GENOVA Scritto
    20/07/2023 10:00 GENOVA Scritto
    22/09/2023 10:00 GENOVA Scritto