Le moderne tecniche di sequenziamento genomico e di analisi delle sequenze amminoacidiche e proteiche producono una mole di dati che rende necessario l’uso dell’informatica e del web. L'insegnamento consiste nell’elucidazione delle basi teoriche delle tecniche di analisi tipiche della bioinformatica, nell’illustrazione e nell’uso di applicativi software che effettuano tali analisi. Gli applicativi utilizzano in prevalenza software distribuito e web server remoti.
Le moderne tecniche di sequenziamento genomico e di analisi delle sequenze amminoacidiche e proteiche producono una mole di dati che rende necessario l’uso dell’informatica e del web. Il modulo consiste nell’elucidazione delle basi teoriche delle tecniche di analisi tipiche della bioinformatica, nell’illustrazione e nell’uso di applicativi software che effettuano tali analisi. Gli applicativi utilizzano in prevalenza software distribuito e web server remoti.
Al termine dell'insegnamento lo studente dovrà conoscere i principali database esistenti e i softwares in grado di analizzare i dati in essi contenuti.
Lo studente dovrà inoltre comprendere quali siano gli algoritmi e i softwares più corretti da utilizzare per l'analisi di specifiche sequenze genomiche o proteiche. Dovrà inoltre saper analizzare diverse sequenze per risolvere dei problemi che gli verranno sottoposti e discutere i risultati ottenuti.
Gli studenti dovranno avere le competenze di base per navigare in rete, scaricare file e materiale da internet, compilare file excel e word, catturare immagini da schermo.
Gli studenti dovranno, inoltre, avere ben presente la struttura del DNA e delle proteine conoscendo le abbreviazioni a tre lettere e a singola lettera degli amminoacidi oltre a conoscere la definizione di struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria delle proteine e di domini funzionali delle proteine.
Lezioni frontali:
Durante le lezioni frontali sarà descritta agli studenti la teoria alla base della ricerca nei database e all'analisi delle informazioni in essi contenuti. Inoltre saranno mostrati i principali softwares per l'analisi di sequenze e il loro funzionamento.
Esercitazioni:
Durante le esercitazioni pratiche saranno svolti degli esercizi che permettano agli studenti di comprendere il funzionamento dei softwares che dovranno poi utilizzare durante la prova d'esame.
Gli studenti con certificazioni valide per Disturbi Specifici dell'Apprendimento (DSA), per disabilità o altri bisogni educativi, sono invitati a contattare il docente e il referente per la disabilità della Scuola/Dipartimento all'inizio del corso per concordare eventuali modalità didattiche che, nel rispetto degli obiettivi dell'insegnamento, tengano conto delle modalità di apprendimento individuali.
• Introduzione alla struttura delle proteine
• I database e la ricerca nei database
• Allineamento di sequenze proteiche
• I software per l’analisi delle proteine
• Introduzione alle analisi filogenetiche
Tutte le slides utilizzate durante le lezioni e altro materiale didattico saranno disponibili su aul@web. In generale, gli appunti presi durante le lezioni e il materiale su aul@web sono sufficienti per la preparazione dell'esame. I libri sotto indicati sono suggeriti come testi di appoggio, ma gli studenti possono comunque utilizzare anche altri testi di Bioinformatica di livello universitario, purché siano edizioni pubblicate negli ultimi 5 anni.
S. Pascarella, A. Paiardini - Bioinformatica. Zanichelli Ed.
P.M. Selzer, R.J. Marhöfer, O. Koch - Applied Bioinfomatics. Springer Ed.
J. Xiong - Essential Bioinfomatics. Cambridge Ed.
Ricevimento: Il ricevimento studenti è dal Lunedì al Venerdì previo appuntamento tramite e-mail o telefono presso la Sezione di Biochimica in Viale Benedetto XV, 1 - primo piano. e-mail: francesco.piacente@unige.it tel: 0103538131
DAVIDE CERESA (Presidente)
FRANCESCO PIACENTE (Presidente)
Esame scritto nel corso del quale lo studente dovrà risolvere dei problemi utilizzando la teoria e i softwares appresi durante le lezioni frontali e le esercitazioni.
Gli studenti dovranno dimostrare di saper reperire le informazioni dai principali database, analizzarle con i softwares descritti a lezione e commentare i risultati ottenuti.
