CODE | 106746 |
---|---|
ACADEMIC YEAR | 2022/2023 |
CREDITS |
|
SCIENTIFIC DISCIPLINARY SECTOR | ING-INF/06 |
LANGUAGE | Italian (English on demand) |
TEACHING LOCATION |
|
SEMESTER | 2° Semester |
TEACHING MATERIALS | AULAWEB |
AIMS AND CONTENT
LEARNING OUTCOMES
La bioinformatica è lo studio di come le informazioni vengono rappresentate e analizzate nei sistemi biologici, in particolare le informazioni derivate a livello molecolare. Il corso si focalizzerà sulle basi metodologiche e tecnologiche della bioinformatica, comprendendo la creazione e gestione di terminologie standard e rappresentazioni di dati, l'integrazione di database eterogenei, l'organizzazione e la ricerca della letteratura biomedica, l'uso di tecniche di machine learning per estrarne nuova conoscenza, la simulazione di processi biologici e la creazione di sistemi basati sulla conoscenza per supportare professionisti avanzati nel campo.
AIMS AND LEARNING OUTCOMES
Agli studenti verranno fornite le basi di biologia molecolare, di genetica, di statistica e di chimica organica indispensabili per essere in grado di affrontare, mediante strumenti computazionali, problemi complessi quali le predizioni riguardanti la regolazione genica, le reti di comunicazione proteina:proteina, nonché le capacità di utilizzare in maniera efficace/efficiente le banche dati disponibili.
PREREQUISITES
- Conoscenza di base di Chimica: struttura della materia, legami inter/intramolecolari, potenziali energetici
- Conoscenze di base di biologia: significato di genetica Mendeliana, concetto di evoluzione, acidi nucleici, proteine.
- Analisi e gestione dati
- Conoscenze di programmazione logica
TEACHING METHODS
48 ore di lezione in aula, salvo diverse indicazioni Ministeriali
SYLLABUS/CONTENT
Basi biologiche della Bioinformatica
Nozioni base di chimica organica e di biologia molecolare
Nozioni di Genetica. Densità di geni nei genomi.
Modi dell’evoluzione delle sequenze geniche: mutazioni puntiformi, duplicazione genica, riarrangiamento cromosomico
Banche dati di interesse biologico
Piattaforme web: EnsEMBL, GenBank, Genome Browser
Allineamento di sequenze (Allineamento di coppie di sequenze, Algoritmi di allineamento,
Scoring di un allineamento)
Omologia, Identità e similarità di geni
Matrici di similarità di scoring e di sostituzione, BLAST
Clustal. Algoritmo.
Regolazione genica ed analisi differenziale
I 20 amino acidi: caratteristiche chimico-fisiche, codice a una e tre lettere.
Elementi di Struttura delle proteine.
Banche dati di strutture proteiche: Uniprot, Protein Data Bank, Expasy proteomics tools.
Software di simulazioni di docking e di dinamica molecolare
Utilizzo del linguaggio R e delle library Bioconductor
RECOMMENDED READING/BIBLIOGRAPHY
- Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer, Oliver Koch. Applied Bioinformatics. Springer International Publishing AG. Disponibile on-line al link:
https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-319-68301-0
Dispense fornite dai docenti
TEACHERS AND EXAM BOARD
Exam Board
CAMILLO ROSANO (President)
GABRIELA FERNANDA CORONEL VARGAS
LESSONS
LESSONS START
Class schedule
L'orario di tutti gli insegnamenti è consultabile all'indirizzo EasyAcademy.
EXAMS
EXAM DESCRIPTION
Prova pratica (presentazione di un project work) e prova orale
ASSESSMENT METHODS
- La prova pratica mira a verificare l’acquisita conoscenza da parte dello studente delle nozioni teoriche di base e la sua capacità di affrontare un problema di bioinformatica mediante la consultazione di banche dati e l’utilizzo dei tools disponibili on-line.
- L’esame orale verterà principalmente sugli argomenti trattati durante le lezioni frontali e dovrà confermare che lo studente abbia acquisito le nozioni (biologiche, chimiche ed informatiche) di base fornite dal corso
Exam schedule
Data | Ora | Luogo | Degree type | Note |
---|---|---|---|---|
25/01/2023 | 10:00 | GENOVA | Scritto + Orale | |
21/06/2023 | 10:00 | GENOVA | Scritto + Orale | |
26/06/2023 | 09:00 | GENOVA | Scritto + Orale | |
26/06/2023 | 09:00 | GENOVA | Scritto + Orale | |
26/06/2023 | 09:00 | GENOVA | Scritto + Orale | |
10/07/2023 | 10:00 | GENOVA | Scritto + Orale | |
31/07/2023 | 09:00 | GENOVA | Scritto + Orale | |
31/07/2023 | 10:00 | GENOVA | Scritto + Orale | |
13/09/2023 | 09:00 | GENOVA | Scritto + Orale | |
13/09/2023 | 10:00 | GENOVA | Scritto + Orale |