CODE | 106746 |
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ACADEMIC YEAR | 2022/2023 |
CREDITS |
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SCIENTIFIC DISCIPLINARY SECTOR | ING-INF/06 |
LANGUAGE | Italian (English on demand) |
TEACHING LOCATION |
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SEMESTER | 2° Semester |
TEACHING MATERIALS | AULAWEB |
La bioinformatica è lo studio di come le informazioni vengono rappresentate e analizzate nei sistemi biologici, in particolare le informazioni derivate a livello molecolare. Il corso si focalizzerà sulle basi metodologiche e tecnologiche della bioinformatica, comprendendo la creazione e gestione di terminologie standard e rappresentazioni di dati, l'integrazione di database eterogenei, l'organizzazione e la ricerca della letteratura biomedica, l'uso di tecniche di machine learning per estrarne nuova conoscenza, la simulazione di processi biologici e la creazione di sistemi basati sulla conoscenza per supportare professionisti avanzati nel campo.
Agli studenti verranno fornite le basi di biologia molecolare, di genetica, di statistica e di chimica organica indispensabili per essere in grado di affrontare, mediante strumenti computazionali, problemi complessi quali le predizioni riguardanti la regolazione genica, le reti di comunicazione proteina:proteina, nonché le capacità di utilizzare in maniera efficace/efficiente le banche dati disponibili.
48 ore di lezione in aula, salvo diverse indicazioni Ministeriali
Basi biologiche della Bioinformatica
Nozioni base di chimica organica e di biologia molecolare
Nozioni di Genetica. Densità di geni nei genomi.
Modi dell’evoluzione delle sequenze geniche: mutazioni puntiformi, duplicazione genica, riarrangiamento cromosomico
Banche dati di interesse biologico
Piattaforme web: EnsEMBL, GenBank, Genome Browser
Allineamento di sequenze (Allineamento di coppie di sequenze, Algoritmi di allineamento,
Scoring di un allineamento)
Omologia, Identità e similarità di geni
Matrici di similarità di scoring e di sostituzione, BLAST
Clustal. Algoritmo.
Regolazione genica ed analisi differenziale
I 20 amino acidi: caratteristiche chimico-fisiche, codice a una e tre lettere.
Elementi di Struttura delle proteine.
Banche dati di strutture proteiche: Uniprot, Protein Data Bank, Expasy proteomics tools.
Software di simulazioni di docking e di dinamica molecolare
Utilizzo del linguaggio R e delle library Bioconductor
https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-319-68301-0
Dispense fornite dai docenti
CAMILLO ROSANO (President)
GABRIELA FERNANDA CORONEL VARGAS
All class schedules are posted on the EasyAcademy portal.
Prova pratica (presentazione di un project work) e prova orale